瀬戸内海の一部や九州沿岸の遠浅の砂泥に棲み、岡山県児島湾では天然記念物に指定されている。三十数年前、岡山国体に行幸された昭和天皇を当時の岡山県知事が案内し、児島湾を一望できる高台から「今は海ですが近い将来、海を干拓工事で埋め立て工場地帯にする予定です」と説明したら陛下は「それではこのへんのカブトガニは棲息場所がなくなってだんだんいなくなりますよ」といわれた。知事は行政のエリートでも動物のエコロジーには無知だったので、その後、専門家に調べさせ、これは大変なことだと気がつき、干拓工事を中止、代わってカブトガニ保護センターをつくることに方針変更をしたことがあった。
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陛下は生物学者としてとても優秀だったんだなあ